Đêm 21 rạng ngày 22 tháng 6 năm 1941, Cụm tập đoàn quân "Bắc" (Đức) triển khai Tập đoàn quân xe tăng 4, các tập đoàn quân binh chủng hợp thành 16 và 18 áp sát biên giới Liên Xô từ Klaipeda đến Gondap và chuẩn bị tấn công. Dải tấn công của Tập đoàn quân xe tăng 3 (Đức) dài 125 km trên khu vực Suwałki gồm các sư đoàn xe tăng 7, 12, 20 và các sư đoàn bộ binh 5, 6, 8, 26, 28, 35, 161 ở thê đội 1; Sư đoàn xe tăng 19 và các sư đoàn cơ giới 14, 18 ở thê đội 2. Khu vực tấn công trên hướng Alytus được giao cho Quân đoàn xe tăng 39 gồm các sư đoàn xe tăng 7 và 20. Tại thê đội 2 của Quân đoàn này còn có Sư đoàn cơ giới 14. Phối hợp bên sườn phải của Quân đoàn xe tăng 39 là Sư đoàn bộ binh 35 của Quân đoàn bộ binh 5, bên sườn trái là Sư đoàn bộ binh 6 của Quân đoàn bộ binh 6. Chiều sâu nhiệm vụ được giao cho Quân đoàn xe tăng 35 trong ba ngày đầu chiến dịch là tuyến sông Niemen. Ba ngày sau đó, Quân đoàn này phải chiếm được Vilnius, thủ đô của Litva.[3]

Quân đội Liên Xô phòng thủ trên khu vực có Sư đoàn xe tăng 5 thuộc Quân đoàn cơ giới 3, giữ Alytus (Olita). Sư đoàn này có 229 xe tăng BT-7, 25 xe bọc thép T-26, 57 xe bọc thép T-28 và 50 xe tăng T-34 nhưng chỉ có hơn 150 xe còn hoạt động được.[4] Phòng thủ phía trước Sư đàn xe tăng 5 là Sư đoàn bộ binh 128 phòng thủ đoạn biên giới phía Tây Sarze. Sư đoàn bộ binh 126 phòng thủ đoạn biên giới phía Tây Simno. Phòng thủ trên khu vực Vilnius có các sư đoàn bộ binh 179 và 184. Đây là khu vực biên giới Litva - Ba Lan mà Liên Xô mới sáp nhập từ năm 1940. Các công trình phòng thủ đều đang được xây dựng nhưng chưa hoàn thành. Bộ chỉ huy Quân khu đặc biệt Pribaltic dự định lấy tuyến sông Niemen làm tuyến phòng thủ có bản để che chở cho Vilnius với các khu phòng thủ cơ bản tại Prienai, Alytus, Merkine và Druskininkai.[2]